Estimuladas por el Emperador francés Napoleón III, Gran Bretaña y España se dispusieron junto con Francia a invadir a México, y una escuadra internacional apareció en aguas de Veracruz al empezar el año de 1862. El gobierno de Juárez quiso negociar, pero los franceses no deseaban únicamente compensaciones económicas. Su verdadero objetivo era establecer en México una monarquía bajo su influencia. Además, un grupo de mexicanos conservadores y enemigos de la Reforma les daba su apoyo. Los españoles y los ingleses se retiraron, pero las fuerzas francesas se dirigieron a la capital. Su triunfo no fue tan rápido. En Puebla, el 5 de mayo, un ejército de 4,000 hombres al mando del General Zaragoza derrotó a los invasores pese a su superioridad numérica. Los franceses se retiraron entonces a Orizaba, donde se les unió una fuerza conservadora encabezada por el General Márquez y desde allí marcharon de nuevo a Puebla. Zaragoza murió, pero sus tropas, refugiadas en Puebla, defendieron la ciudad durante dos meses, al cabo de los cuales tuvieron que rendirse. Tras la caída de Puebla, los invasores entraron en la capital, y el 10 de julio, un consejo de notables conservadores ofreció la Corona de México, declarado Monarquía, al Archiduque Maximiliano de Asturia. Éste aceptó, empezando a gobernar lleno de buenas intenciones, pero sin lograr el apoyo de sus súbditos. A pesar de las ideas liberales que intentó aplicar, Benito Juárez y sus secuaces continuaron luchando contra él.
Entre tanto, Napoleón tuvo que retirar muchas de sus fuerzas en México a causa de la situación política europea. Falto de apoyo, el Imperio Mexicano se derrumbó. La Emperatriz Carlota fue inútilmente a pedir auxilio a Napoleón III y al Papa. Por último, perdió la razón, mientras Maximiliano era vencido en Querétaro y fusilado por Juárez junto con los Generales Miramón y Mejía en el Cerro de las Campanas, el 19 de junio de 1867. El 8 de diciembre, Juárez presidió el Congreso de la Unión, otra vez reunido en la capital. Después de sus seis años de feliz resistencia tenía que terminar su Reforma, interrumpida por la lucha. Su período presidencial había concluido durante la Guerra Civil. Fue reelegido dos veces. Pero la oposición a su gobierno aumentaba, y Porfirio Díaz, oriundo de Oaxaca y también de ascendencia zapoteca, encabezó un levantamiento enarbolando la bandera de "no reelección". Juárez lo sofocó, pero murió al poco tiempo, el 18 de julio de 1872 cuando había sido reelegido.
